eDNA分析是檢測水生生物的可靠工具，即使DNA濃度很低。這使得eDNA在評估物種分布或檢測稀有物種（例如，受到威脅、瀕?；蛉肭郑┓矫嫣貏e有用，而這些稀有物種可能難以使用傳統(tǒng)方法檢測。類似地，水生微生物如細菌、病毒、真菌可以通過eDNA分析容易地被檢測。